一是審核對(duì)象不同。工程結(jié)算是對(duì)施工單位上報(bào)的結(jié)算進(jìn)行審核，結(jié)算審計(jì)是對(duì)有能力或有資質(zhì)的單位審核施工單位上報(bào)結(jié)算形成結(jié)果的審計(jì)。因此工程結(jié)算是初審，是直接與施工單位打交道；而結(jié)算審計(jì)是二審，是在負(fù)責(zé)結(jié)算的單位審核基礎(chǔ)上的審計(jì)，一般不需施工單位介入，需施工單位到場(chǎng)時(shí)也往往在最終交換意見(jiàn)階段。
　　二是風(fēng)險(xiǎn)不同。從審核結(jié)果看，施工單位上報(bào)的結(jié)算虛報(bào)程度超乎想象，一些項(xiàng)目的核減率在50%以上，審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)大大增加；而結(jié)算審計(jì)審減率往往較低，審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)較小。
　　三是方法與工作量不同。由于工程決算風(fēng)險(xiǎn)大，審計(jì)人員必須逐一核對(duì)、計(jì)算工程量，并審定價(jià)格，必要時(shí)需現(xiàn)場(chǎng)核實(shí)，才能防范風(fēng)險(xiǎn)；而工程審計(jì)則不同，對(duì)金額較小的清單細(xì)目比較一下或估算即可，不必一一計(jì)算。
　　四是復(fù)雜程度不同。由于工程結(jié)算面對(duì)的是施工單位，其在上報(bào)結(jié)算中可能存在漏項(xiàng)、少算等問(wèn)題，而當(dāng)多次交換意見(jiàn)后，施工單位可能補(bǔ)報(bào)變更或漏項(xiàng)等資料，本著公平的原則，只能接受這些經(jīng)甲方、監(jiān)理簽字的補(bǔ)報(bào)資料并再行審核，盡管施工單位事前已經(jīng)對(duì)資料的真實(shí)性、完整性和準(zhǔn)確性作出承諾，但從多次交換意見(jiàn)的結(jié)果看，這些承諾往往形同虛設(shè)。另一方面，當(dāng)招投標(biāo)、合同等結(jié)算依據(jù)出現(xiàn)問(wèn)題時(shí)，常常導(dǎo)致結(jié)算無(wú)法進(jìn)行，必須協(xié)調(diào)解決這些問(wèn)題后再行結(jié)算；結(jié)算審計(jì)則不存在這些現(xiàn)象，因?yàn)檫@個(gè)過(guò)程已經(jīng)在第一審中進(jìn)行過(guò)了，審計(jì)部門不會(huì)再接受施工單位補(bǔ)報(bào)的任何資料，而當(dāng)無(wú)法審計(jì)情況出現(xiàn)時(shí)，只要以不具備審計(jì)條件為由退回即可。復(fù)雜程度的不同導(dǎo)致了工程結(jié)算工作更具反復(fù)性和長(zhǎng)期性。

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